Het organogram beschrijft de organisatiestructuur van DUO.
 
Rob Kersters is Directeur-generaal van DUO. Hij vormt samen met Regina Riemersma en Wim Westerbeek de hoofddirectie van DUO. 
Deze drie eindverantwoordelijken hebben samen de dagelijkse leiding over DUO in het MT-DUO.
De Directeur-generaal Rob Kerstens is ook lid van het MT-OCW, dat de dagelijkse leiding van het ministerie van OCW vormt.

DUO kent verder de organisatieonderdelen Uitvoering & Dienstverlening en Bedrijfsvoering.

Regina Riemersma is Hoofddirecteur van Uitvoering & Dienstverlening.

Wim Westerbeek is hoofddirecteur van Bedrijfsvoering.